23 chuyên ngành Thạc sĩ  : Khoa Toán – Tin học : Toán Giải tích, Đại số và Lí thuyết số, Hình học và Tô pô, LL & PPDH môn  Toán ; Khoa Ngữ Văn : Văn học Việt Nam, Văn học nước ngoài, Lí luận văn học, Ngôn ngữ học, LL & PPDH môn Văn học ; Khoa Lịch sử : Lịch sử Việt Nam, Lịch sử thế giới ; Khoa Địa lí : Địa lí học ; Khoa Vật lí : LL & PPDH môn Vật lí, Vật lí hạt nhân ; Khoa Hóa học : LL & PPDH môn Hóa học ; Khoa Tiếng Pháp  : LL & PPDH môn Tiếng Pháp ; Khoa Sinh học : Vi sinh vật học, Sinh thái học, Sinh học thực nghiệm ; Khoa Tâm lí – Giáo dục : Tâm lí học, Quản lí Giáo dục ; Khoa Tiếng Anh : Phương pháp giảng dạy tiếng Anh (liên kết với đại học Canberra, Úc) ; ngoài ra còn liên kết đào tạo cao học Công nghệ đào tạo với Đại học Caen (Cộng hòa Pháp).

09 chuyên ngành Tiến sĩ : Toán Giải tích, Hình học và Tô pô, Văn học Việt Nam, Văn học Trung Quốc, Lí luận ngôn ngữ, Lịch sử Việt Nam cổ đại và trung đại, Lịch sử Việt Nam cận đại và hiện đại, Địa lí học (trừ Địa lí tự nhiên)

Trường đã đào tạo được 714 thạc sĩ và 80 tiến sĩ. Tổng số học viên hiện đang học chương trình Sau Đại học tại Trường gồm có: 841 cao học và 58 nghiên cứu sinh. Chất lượng đào tạo được khẳng định. Qua điều tra sơ bộ, số tiến sĩ, thạc sĩ do Trường Đại học Sư phạm Thành phố Hồ Chí Minh đào tạo đã thực sự phát huy được tác dụng tại các trường và một số cơ sở văn hóa, giáo dục, khoa học khác ở các tỉnh phía Nam cũng như tại Thành phố Hồ Chí Minh.